通常，将固氮微生物添加到生物有机肥中，微生物菌剂批发，并且微生物主要将空气中的N 2还原成NH 4，NH 4可以通过固氮酶的作用被作物吸收和利用。微生物的固氮效率根据土壤条件而变化很大。生物有机肥还向土壤中添加一定量的溶磷微生物和硅酸盐，然后与其他土壤微生物一起增殖和协同作用，分解土壤中的一些原始次生矿物，同时固定矿物质。释放出磷，钾等养分，低效的磷和钾转化为有效的养分，使作物被吸收利用，直接被作物吸收利用，提高土壤肥力。一般来说，分解的有机肥含有有益微生物，如酵母，乳酸菌和纤维素分解菌，含有功能菌的生物有机肥也可含有固氮菌，硅酸盐，溶磷微生物，光合细菌和假单胞菌等。对于一些有益的细菌。除了它们产生大量活性物质的能力之外，这些微生物中的一些还具有固氮，溶解磷和溶解钾的能力。一些人具有抑制植物根际病原体的能力，而另一些人则具有改善土壤微生态环境的能力。
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